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Anonymous FTP

ヒトゲノム解析センターで開発された以下のデータベースをダウンロードすることができます。また、HGC FTPサーバーでは、いくつかのデータベースやソフトウェアをミラーしています。

HGC 提供

Databases

JSNP
IMS、JST (中村特任教授のグループ) による日本の SNPs データベースです。

>JSNP

DBTSS
HGC (菅野教授と中井教授のグループ) によるヒト遺伝子の転写開始点と完全長 cDNA のデータベースです。

>DBTSS

他研究機関提供

Databases

1000 Genomes
1000 人ゲノムプロジェクトで得られたゲノムデータのうち、日本人のゲノムデータ (Population が JPT のもの) が利用できます。

>1000 Genomes

NCBI
NCBI で公開されているデータベースで、GenBank, RefSeq, UniGene の他に Genomes, dbSNP, Taxonomy, OMIM, GEO などが利用できます。

>NCBI

EMBL
EMBL/EBI による核酸配列のデータベースです。内容は GenBank、 DDBJ と共通です。

>EMBL

UniProt
Swiss Prot、 TrEMBL、 PIR データベースを統合して作られた、SIB/EBI によるアミノ酸配列のデータベースです。

>UniProt

PDB
wwPDB (RCSB, EBI, PDBj) による立体構造のデータベースです。

>PDB

Ensembl
Sanger/EBI による真核生物のゲノムデータベースです。

>Ensembl

Golden Path
UCSC によるヒトのゲノムデータベースです。

>Golden Path

Pfam, Rfam
Pfam: Washington 大学と Sanger Institute によるタンパク質ファミリーのデータベースです。
Rfam: Washington 大学と Sanger Institute による機能性 RNA ファミリーのデータベースです。

>Pfam, Rfam

InterPro
EBI によるタンパク質ファミリー、ドメイン、機能サイトの統合データベースです。

>InterPro

PROSITE
SIB によるタンパク質モチーフとプロファイルのデータベースです。

>PROSITE

EPD
SIB による真核生物のプロモーター配列データベースです。

>EPD

Software

NCBI
NCBI の相同性検索プログラム BLAST と、BLAST の検索対象となる EST, nr などのデータベースです。

>NCBI

FASTA
Virginia 大学の相同性検索プログラムで SSEARCH 等も含まれます。

>FASTA

ClustalW, ClustalX
ClustalW:マルチプルアラインメントのプログラムです。
ClustalX:ClustalW のグラフィカルインターフェイス (GUI) です。

>ClustalW, ClustalX

PHYLIP
系統解析のプログラムです。

>PHYLIP

HMMER, INFERNAL
HMMER: 隠れマルコフモデル (HMM) を作成し配列を検索するプログラムです。
INFERNAL: RNA の共分散モデル (CM) を作成し配列を検索をするプログラムです。

>HMMER, INFERNAL

EMBOSS
配列解析を中心とした多数のプログラム集です。

>EMBOSS

InterProScan
InterPro データベースを検索するプログラムです。

>InterProScan

exonerate, Wise2
exonerate: 相同性検索とゲノム等への配列マッピングを行う統合プログラムです。
Wise2: タンパク質のゲノムへのマッピングを行うプログラムです。

>exonerate, Wise2

MEME
期待値最大化 (EM) 法により配列から特徴パターンを検索するプログラムです。

>MEME

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医科学研究所 東京大学

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