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データベース

ヒトゲノム解析センターでは、様々なデータベースを構築しています。また、我々が開発したシステムにより、いくつかの他機関で構築されている主要なデータベースも、検索することができます。以下のデータベースが利用できます。

JSNP
JSNP データベースは、科学技術振興機構と東京大学医科学研究所 (中村祐輔特任教授) とのミレニアム SNP プロジェクトでの共同研究の成果を公開するために構築されました。日本人のサンプルを検索して、主に遺伝子領域の一塩基多型 (SNP) を約 20 万箇所同定し、それらの位置情報、実験方法、および日本人一般集団のアレル頻度データを収録しています。

>JSNP

CSML/CSO
Cell System Markup Language (CSML) は代謝経路、シグナリングや遺伝子制御ネットワークなどのバイオパスウェイをモデリング・シミュレートするための XML フォーマットです。また Cell System Ontology (CSO) も開発済みです。

>CSML/CSO

HiGet
HiGet は GenBank, RefSeq, UniProt, PDB, PROSITE, OMIM などの主要なデータベースに対する全文検索サービスです。エントリ全体の検索だけでなく、各エントリの中で検索対象となるフィールドを指定することにより、きめ細かな絞り込み検索を高速に行うことができます。

>HiGet

DBTSS
HGC (菅野教授と中井教授のグループ) によるヒト遺伝子の転写開始点と完全長 cDNA のデータベースです。

>DBTSS

DBTBS
HGC を中心としたグループによる、枯草菌の転写因子とプロモーターの情報を文献から抽出したデータベースです。

>DBTBS

DBTGR
ホヤ等の被嚢類の転写因子とプロモータの情報を、文献より抽出したデータベースです。カタユウレイボヤとマボヤのプロモータ領域の保存度も比較できます。

>DBTGR

Full length cDNA
NEDO の支援を受けたバイオテクノロジー開発技術研究組合との共同事業 (菅野教授のグループ) による完全長 cDNA のデータベースです。

>Full length cDNA

Aberrant Splicing Database
中井教授 (HGC) が以前収集した異常スプライシング (突然変異などでスプライシングに異常が起こり発病する) のコレクションです。

>Aberrant Splicing Database

Hintdb
実験的に得られた 9 生物種間のタンパク質−タンパク質相互作用のデータベースです。

>Hintdb

HitPredict
ハイスループットデータから予測されたタンパク質−タンパク質相互作用のデータベースです。

>HitPredict

MACPAK
マクロファージパスウェイデータベース (MACPAK) はマクロファージにかかわる時系列のシミュレーション可能なパスウェイを整理したデータベースです。 230 報の論文を 1 報ずつセルイラストレータオンラインを用いて整理し時系列シミュレーションが可能なようにキュレータが1つ1つの反応を精査して作成しています。 MACPAK の全データセットは 2011 年 6 月時点で 24,009 エンティティ、 12,774 反応ですべてのモデルはセルイラストレータオンラインで読み込み実行可能な CSML 形式で整理されています。また、カスタマイズした Cytoscape 上で編集・閲覧することもできます。

>MACPAK

CGED
大阪成人病センターの加藤研究所所長と HGC 中井教授らによる、癌と正常細胞の遺伝子発現量を、 ATAC-PCR を用いて定量した結果のデータベースです。

>CGED

eF-site
eF-site は蛋白質の分子表面のデータベースで、分子表面の形状と静電ポテンシャルと疎水性が計算されています。さらに機能部位の情報も納められています。

>eF-site

Rat Genome Map
大塚製薬 GEN 研究所らによる OLETF ラットの放射線ハイブリッドマップです。

>Rat Genome Map

Full-malaria
Full-malaria は、寄生虫の完全長 cDNA データベースです。マラリア原虫 (赤血球感染型)、トキソプラズマ原虫 (タキゾイト) の発現遺伝子の5'端塩基配列をゲノムシークエンス上にマップして表示しています。エキノコックス (多包条虫) の嚢包の完全長 cDNA の 5' 端塩基配列も公開しています。

>Full-malaria

MBGD
MBGD は、バクテリアの完全ゲノム配列を比較解析するためのデータベースです。 MBGD の目的は、オーソログ遺伝子の同定、パラログ遺伝子のクラスタリング、モチーフ解析、遺伝子の並びの比較などの、様々な観点から比較ゲノムをやりやすくすることです。現在では、基礎生物学研究所で管理されています。

>MBGD

BSORF
JAFAN (枯草菌の日本機能解析ネットワーク) による枯草菌 ORF データベースです。

>BSORF

ATTED-II
ATTED-II は、公共のデータベースに蓄積しているシロイヌナズナのマイクロアレイデータから計算した遺伝子共発現情報を公開しているデータベースです。

>ATTED-II

COXPRESdb
COXPRESdb は、公共のデータベースに蓄積しているヒト、マウス、ラットのマイクロアレイデータから計算した遺伝子共発現情報を公開しているデータベースです。

>COXPRESdb

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