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DNA 情報解析分野

DNA 情報解析分野

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研究室メンバー

教授: 宮野 悟
准教授: 井元 清哉
助教: 島村 徹平
技術職員: 斉藤 あゆむ

研究概要

この分野は、マイクロアレイによる遺伝子発現情報、核酸配列、タンパク質のアミノ酸配列などの 生物情報を対象として、知識の発見、情報の解釈、知識ベース化等のための知識情報処理システム を研究・開発し、それらを提供すると共に、関連する研究を行っている。次の3つの研究は、お互 いに連携して、コンピュータによるパスウェイ解析と遺伝子ネットワーク情報の解析に応用されて いる。

遺伝子発現プロファイルデータ解析の研究

遺伝子発現プロファイル情報を使って遺伝子ネットワークを同定するための種々の方式、特に、ベイジアン・ネットワークとノンパラメトリック回帰による遺伝子ネットワーク推定法の開発、遺伝子ネットワークの知識ベース化と遺伝子ネットワークの視覚化、クラスター解析の研究を行っている。(図1)

知識発見支援システムの研究・開発

完全ゲノム配列データ、SNPデータ、遺伝子発現データ、タンパク質のアミノ酸配列及び構造データ等からの知識発見を支援するためのシステム Hypothesis Creator を研究・開発している。 この概念に基づいて、同時に、タンパク質の局在予測や異常スプライシングのためのコンピュータによる知識発見を行っている。

バイオパスウェイのモデル化とシミュレーションの研究

システムバイオロジーの研究の一つとして、バイオパスウェイのモデル化とシミュレーションを通して細胞等のシミュレーションシステムを構築するための研究を行っている。生物をシステムとして捉え、遺伝子の制御情報、細胞、代謝系等についての生物・医学知識をシミュレーション可能な形で機構化することにより、システムとしての遺伝子の機能等を予測することを可能にする。こうした研究は、バイオパスウェイのシミュレーションシステム Genomic Object Net ( http://www.GenomicObject.Net/ ) に実現されている。

fig1.jpg
図1: ベイジアンネットワークとノンパラメトリック回帰による遺伝子発現プロファイルデータ からのネットワーク推定とその可視化解析システムのスナップショット fig2.jpg
図2: Genomic Object Net を用いて遺伝子制御、代謝系、シグナル伝達などの ネットワークのモデル化をスムーズに行う事ができ、XML を使ったパーソナライズドな 可視化環境でシミュレーションできる。 図は Fas ligand に誘導されるアポトーシスのモデル化とシミュレーション

連絡先

TEL: 03-5449-5615
FAX: 03-5449-5442

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