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解析ツール

ヒトゲノム解析センターでは、ゲノムデータを解析するための様々なツールを開発しています。以下のツールが利用できます。

XiP

XiP は、時系列データから動的ネットワークを抽出してシステムとして解析するプロセスや、時系列データを動的モデルに同化させモデルを精緻化するなどのプロセスを、パイプラインとしてグラフィカルに作成し、データ解析・可視化・シミュレーション解析を統合的に行うツールです。
Cell Illustrator Online で扱う CSML データや R データを使った処理が可能であり、パイプラインには、SiGN-BN や SiGN-SSM による推定プロセスや Galaxy ツールをコンポーネントとして組み込むことも可能です。
また、最新の XiP 3.0 では、一部のコンポーネントを京上で実行する機能が実現されています。

>XiP

EEM
EEM法は遺伝子セット情報に基づいて発現データ中で共発現している遺伝子群、発現モジュールを抽出するツールです。

>EEM

Genomon-fusion
Genomon-fusion は、ヒト全トランスクリプトームシークエンスデータから融合遺伝子を抽出し、候補の一覧を Excel で表示可能な TSV 形式で出力します。Genomon-fusion は、bowtie、 blat、cap3 などのオープンソフトウェアを組み合わせたパイプラインです。

>Genomon-fusion

SiGN-BN
SiGN-BN は遺伝子ノックダウン実験、患者組織由来細胞データ、薬剤投与時系列データなど、様々な条件下で観測された遺伝子発現データから静的・動的な遺伝子ネットワークを推定するためのソフトウェアです。小規模高精細な遺伝子ネットワークからヒト全遺伝子(プローブ)を含む超巨大な遺伝子ネットワークまで推定可能です。また推定した遺伝子ネットワークは Cell Illustrator Online で解析が可能です。

>SiGN-BN

Genomon
Genomon はヒトゲノムの Exon 領域をシークエンスした結果ファイル (FASTQ) を、リファレンスゲノム (hg19) にマッピングし、 データ解析を行い、Mutation 候補の一覧を Excel で表示可能な TSV 形式で出力します。Genomon は、BWA、GATK、Picard、Annovar、cutadapt などの様々なオープンソフトウェアを組み合わせたパイプラインと呼ばれるソフトウェアです。

>Genomon

Cell Illustrator Online
Cell Illustrator Online は、生体内パスウェイを描く機能とシミュレーションの機能が一つになったソフトウェアのセルイラストレータのオンライン版です。インターネット経由で起動するオンラインアプリケーションであるという特性を生かした拡張が数多くあります。ユーザ登録することで、 1 か月間 Cell Illustrator Online を利用できます。また、Cell Illustrator Online Player はユーザ登録することなく利用することができます。

>Cell Illustrator Online

SiGN-SSM
SiGN-SSM は時系列で観測された遺伝子発現データから動的遺伝子ネットワークを推定するためのソフトウェアです。発現データに特徴的な、繰り返し測定された短時点かつ不等間隔のデータを適用可能です。推定した遺伝子ネットワークを用いて、発現制御解析だけでなく、異なる条件下での発現差解析などを行うことも可能です。また推定した遺伝子ネットワークは Cell Illustrator Online で解析が可能です。

>SiGN-SSM

SSS
SSS (Sequence Similarity Search) は BLAST, FASTA, SSEARCH, EXONERATE, TRANS の配列類似性検索プログラムを一つのインターフェイスに統合したサービスで、ヒトゲノム解析センターで利用可能な GenBank, RefSeq, EMBL, UniProt などの主要なデータベースを検索できます。

>SSS

PSORT, PSORT II, iPSORT
中井教授 (HGC) が開発に関与した、アミノ酸配列とその生物種 (例: グラム陽性細菌) の情報から細胞内のタンパク質局在部位を予測するためのプログラム群です。

>PSORT, PSORT II, iPSORT

Melina & Melina2
中井教授 (HGC) らによる、機能的に関連した一群の DNA 配列から共通のモチーフを抽出する作業を支援するツールです。 すなわち、既存のモチーフ抽出プログラムにおいて、異なるパラメータセットに基づく抽出結果を比較したり、異なるアルゴリズムによる抽出結果を比較する作業を支援します。

>Melina & Melina2

EGassembler
EGassembler は、特定生物種の EST 配列をマルチファスタ形式で与えることで、配列のクリーニング、ベクターやリピートのマスク、アセンブルまでを自動的に行うことのできるツールです。

>EGassembler

TFBIND
角田チームリーダー (理研 SRC) による、独自の閾値を用いた転写因子結合 部位 (TATA box, GC box, CCAAT box, 転写開始部位 (TSS) を含む)検索のた めのソフトウェアです。彼のアルゴリズムは、転写因子結合部位の局所的 な過剰表現を発見し、結合スコアの最適な閾値を決定します。この最適値 と Wingender 博士らによる転写因子データベース TRANSFAC R.3.4 を用いて、 ゲノム DNA 中の転写因子結合部位を (特に主要な結合配列については) 高い精度で発見することができます。

>TFBIND

メンテナンスが終了した解析ツール

Parallel PRRN
もともと prrp/prrn として開発された後藤修チームリーダー(産総研 CBRC) による高感度マルチプルアラインメントプログラムです。このバージョン は、シリコングラフィックス社の並列マシン向けに十時研究員(理研GSC) によって実装されたものです。このアルゴリズムは、木構造依存性分割を 用いて反復学習を行ない、最良優先検索を行ないます。第三者による客観 テストによると、世界で最も高感度なマルチプルアラインメントプログラ ムのひとつです。 (Thompson et al., 1999)

>Parallel PRRN

PACADE
PACADE は、タンパク質の類似部分構造を二次構造レベルで検索するシステムである。ユーザが指定した部分構造(特定タンパクの一部)と同じ二次構造列を持ち、二次構造の長さや二次構造間の角度が類似した部分構造を検索し、可視化する。データマイニングシステムとの連携により、検索された類似部分構造を持つタンパク質集合に共通かつ特有な情報を提示することも可能である。

>PACADE

whoin
ゲノムひろば 2003 のために作成した、ヒトアミノ酸配列中の文字列を探すツールです。

>whoin

HyperGenome
染色体地図と配列情報を統合したデータベースです。

>HyperGenome

ContigMaker
コンティグ地図作成を支援するためのソフトウェアツールです。

>ContigMaker

SAND
Nested Deletion 法による配列結合編集システムです。

>SAND

Gidre
データベース統合化環境構築システムです。

>Gidre

Stralign
タンパク質立体構造アラインメントプログラムです。

>Stralign

DDGEL
ゲノム DNA の 2 次元ゲル電気泳動画像処理システムです。

>DDGEL

KEX
PROPER (PROtein Proper-noun Extraction Rules) に基づいたタンパク質名アノテーションツールです。

>KEX

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