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Shirokane1 ローカルディスクの旧バージョンソフトウェアの削除のお知らせ
HGC スーパーコンピュータ利用者各位
2012 年 12 月 26 日
ヒトゲノム解析センター
スーパーコンピュータ室
日頃は、当センターのサービスをご利用いただき、ありがとうございます。
この度、スパコンシステム Shirokane1 では、セキュリティ向上、
およびローカルディスク容量の削減のため、
いくつかのソフトウェアの旧バージョンの削除を実施します。
旧バージョンが削除対象となるソフトウェア
* Java
* Mathematica
* NCBI Tool
* R
ローカルディスクから旧バージョンのソフトウェアが削除される対象のノード
* gw (Shiorkane1 のログインノード)
* c (Shirokane1 の分散メモリ型サーバ Type-B)
* cl (Shirokane1 の分散メモリ型サーバ Type-A)
* web (Web サーバ Type-A)
※Shirokane2 の ngw, nc, ncl や uv と Web サーバ Type-B は対象ではありません。
削除予定日
* 2013/2/4
旧バージョンが削除対象となるソフトウェアの最新バージョンおよび /usr/local/bin/ 以下
にある各ソフトウェア (/usr/local/bin/java 等) は、削除の対象ではなく、継続してご利用い
ただけます。
削除対象のバージョンは以下の通りです。
ご使用のスクリプト、設定ファイル等に以下のパスが含まれている場合は、
後述の最新バージョンでの実行を行うように書き換えた上で、動作確認をいただけますよう
お願いいたします。
* 削除対象の旧バージョンの Java
* /usr/local/package/java/j2sdk1.4.2_17_32
* /usr/local/package/java/j2sdk1.4.2_18_32
* /usr/local/package/java/jdk1.5.0_19_32
* /usr/local/package/java/jdk1.5.0_19_64
* /usr/local/package/java/jdk1.6.0_15_32
* /usr/local/package/java/jdk1.6.0_15_64
* /usr/local/package/java/jdk1.6.0_17_32
* /usr/local/package/java/jdk1.6.0_17_64
* /usr/local/package/java/jdk1.6.0_18_32
* /usr/local/package/java/jdk1.6.0_18_64
* /usr/local/package/java/jdk1.6.0_20_32
* /usr/local/package/java/jdk1.6.0_20_64
* /usr/local/package/java/jdk1.6.0_21_32
* /usr/local/package/java/jdk1.6.0_21_64
* /usr/local/package/java/jdk1.6.0_26_32
* /usr/local/package/java/jdk1.6.0_26_64
* /usr/local/package/java/jdk1.6.0_27_32
* /usr/local/package/java/jdk1.6.0_27_64
* /usr/local/package/java/jdk1.6.0_29_32
* /usr/local/package/java/jdk1.6.0_29_64
* /usr/local/package/java/jdk1.6.0_33_32
* /usr/local/package/java/jdk1.6.0_33_64
* /usr/local/package/java/jdk1.6.0_35_32
* /usr/local/package/java/jdk1.6.0_35_64
* /usr/local/package/java/jdk1.7.0_02_32
* /usr/local/package/java/jdk1.7.0_02_64
* /usr/local/package/java/jdk1.7.0_05_32
* /usr/local/package/java/jdk1.7.0_05_64
* /usr/local/package/java/jdk1.7.0_07_32
* /usr/local/package/java/jdk1.7.0_07_64
* 削除対象の旧バージョンの Mathematica
* /usr/local/package/Wolfram/Mathematica/6.0
* /usr/local/package/Wolfram/Mathematica/7.0
* 削除対象の旧バージョンの NCBI Tool
* /usr/local/package/ncbi_toolkit/2.2.16
* /usr/local/package/ncbi_toolkit/2.2.19
* /usr/local/package/ncbi_toolkit/2.2.20
* /usr/local/package/ncbi_toolkit/2.2.22
* 削除対象の旧バージョンの R
* /usr/local/package/r/2.8.0_gccl
* /usr/local/package/r/2.8.0_icc
* /usr/local/package/r/2.10.1_icc_mkl
* /usr/local/package/r/2.11.1_gcc
* /usr/local/package/r/2.12.0_gcc
* /usr/local/package/r/2.12.0_icc_mkl
* /usr/local/package/r/2.13.0_gcc
* /usr/local/package/r/2.13.0_icc
* /usr/local/package/r/2.13.0_icc_mkl
これらのソフトウェアの最新バージョンのパスは以下の通りです。
スクリプトや設定ファイルに上記の旧バージョンへのパスが含まれている場合は
以下のパスに書き換えが必要です。
* 最新バージョンの Java のパス
* /usr/local/package/java/current5
* /usr/local/package/java/current5_32
* /usr/local/package/java/current6
* /usr/local/package/java/current6_32
* /usr/local/package/java/current7
* /usr/local/package/java/current7_32
* 最新バージョンの Mathematica のパス
* /usr/local/package/Wolfram/Mathematica/current
* 最新バージョンの NCBI Tool のパス
* /usr/local/package/ncbi_toolkit/current
* 最新バージョンの R のパス
* /usr/local/package/r/current_icc
* /usr/local/package/r/current_icc_mkl
* /usr/local/package/r/current_gcc
ご質問がございましたら、お早めにお問い合わせをいただけますようお願いいたします。
皆様のご理解、ご協力の程よろしくお願いいたします。
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スーパーコンピュータ室
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