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ログインノード (gw, ngw) の仮想メモリの制限設定を変更するお知らせ

本作業は完了しております。

HGC スーパーコンピュータ利用者各位
2013 年 6 月 18 日

ヒトゲノム解析センター
スーパーコンピュータ室

日頃は、当センターのサービスをご利用いただき、ありがとうございます。

この度、 Shirokane1 のログインノードである gw 、及び Shirokane2 のログインノードである ngw の過負荷防止のため、仮想メモリの Soft Limit の値を以下の通り変更いたします。

本変更により、gw で 2GB 以上、ngw で 1GB 以上のメモリを使用するプログラムの実行ができなくなります。より大きなメモリを使用するプログラムをインタラクティブに実行する場合は、qlogin を使用してしてください。CPU を多く使用するプログラムにも qlogin を使用してください。

以下は 8GB までのメモリを使用する宣言をし qlogin を行う場合の例です。

$ qlogin -l s_vmem=8G,mem_req=8

qlogin の詳細は以下の講習会資料の 29 - 33 ページをご覧ください。

FreeNX 上で qlogin をした場合の X アプリケーションの実行方法は以下をご覧ください。

[Shirokane1]

[Shirokane2]

ログインノードは、利用者に対するスパコンシステムのフロントエンドです。ログインノードの高負荷は、利用者の作業の妨げになるだけでなく、スパコンにログインできない事態が起こります。「重い」ジョブの実行は計算ノードで実施し、ログインノードでは行わないようお願いいたします。

「重い」ジョブは予告なくシステム管理者が kill することがあります。また、ログインノードにおける「重い」ジョブを自動で kill する仕組みを今後導入予定です。ログインノードの過負荷抑制に皆様のご理解、ご協力の程よろしくお願いいたします。